Bueno, yo particularmente nunca usarÃa esa expresión "a lo largo del tiempo"
PodrÃa ser "a lo largo de los años" "a lo largo de la vida", pero para tiempo, me suena mejor "al pasar del tiempo" "a medida que el tiempo pasa" "con el pasar del tiempo".
A pesar de que las frases que propones son bastante más correctas desde el punto de vista de los conceptos, "a lo largo del tiempo" es una expresión muy muy habitual en español, repÃtela varias veces en tu mente y verás cómo te suena bien.